Die in der Approbationsordnung für Apotheker in relativ engen Grenzen festgelegten Lehrinhalte des Pharmaziestudiums werden durch die vier Institute des Faches abgedeckt. Der Bereich Pharmakologie ist an der HHU, wie an vielen anderen Universitäten, nicht innerhalb der Pharmazie angesiedelt, so dass die hier erforderliche Lehre von der Medizinischen Fakultät abgedeckt wird.

Die Forschung am Institut für Pharmazeutische Biologie und Biotechnologie befasst sich schwerpunktmäßig mit biologisch aktiven Naturstoffen aus marinen Organismen (Schwämme, Seescheiden und andere Invertebraten sowie mit diesen assoziierten Mikroorganismen) und Pflanzen sowie der ökologischen Bedeutung von Naturstoffen in der Interaktion zwischen Pflanzen und Insekten bzw. zwischen marinen Invertebraten und Fischen. Ein weiterer Schwerpunkt liegt in der Suche nach Antibiotika mit neuartigen Wirkmechanismen.

Die aktuellen Forschungsthemen des Instituts für Pharmazeutische und Medizinische Chemie umfassen theoretische Untersuchungen zur Aufklärung der molekularen Wirkungsmechanismen von Arzneistoffen, die Suche nach neuen Targets, sowie die Entwicklung neuer analytischer Verfahren zur Identifizierung und Testung von Wirkstoffen unter dem Motto “Moleküle nach Maß”.

Forschungsschwerpunkte am Institut für Pharmazeutische Technologie und Biopharmazie sind feste Arzneiformen wie Pulver, Pellets, Granulate und Tabletten. Herstellungsprozesse, Arznei- und Hilfsstoffe werden untersucht und charakterisiert. Mit Hilfe dieser Erkenntnisse werden die Eigenschaften von Arzneimitteln gezielt eingestellt. Einen Schwerpunkt der Forschungsarbeiten stellen kindgerechte Arzneizubereitungen dar.

Die Forschungsschwerpunkte im Institut für Klinische Pharmazie und Pharmakotherapie beinhalten Aspekte der Arzneimitteltherapiesicherheit und  die Einführung neuer Therapiestrategien und -optimierungen insbesondere für Kinder durch Einsatz von klinischer Pharmakodynamik, Pharmakokinetik, Pharmakogenetik und Studiensimulation.

Die Fachrichtung Pharmazie- und Naturwissenschaftsgeschichte am Institut für Geschichte der Medizin  stellt eine Besonderheit der WE Pharmazie der Heinrich-Heine-Universität dar. Seit der Gründung des Faches Pharmazie an der HHU in den 1970er Jahren ist die Medizingeschichte für den Lehrexport der Lehrveranstaltungen „Pharmazeutische und Medizinische Terminologie“ und „Geschichte der Naturwissenschaften unter bes. Berücksichtigung der Pharmazie“ zuständig.